Sự kháng cự bền bỉ của Cộng hòa Indonesia và ngoại giao quốc tế tích cực khiến thế giới phản đối các nỗ lực của Hà Lan nhằm tái lập thuộc địa của họ.[38] 'Hành động cảnh sát' thứ nhì là một thảm họa về ngoại giao cho chính nghĩa của Hà Lan. Quốc vụ khanh Hoa Kỳ Dean Acheson thúc bách chính phủ Hà Lan tham gia các cuộc đàm phán theo nghị quyết trước đây của Liên Hiệp Quốc song đến đương thời vẫn bị Hà Lan khước từ. Hội nghị bàn tròn Hà Lan–Indonesia được tổ chức tại La Haye từ ngày 23 tháng 8 năm 1949 đến ngày 2 tháng 11 năm 1949 giữa Cộng hòa Indonesia, Hà Lan, và những quốc gia do Hà Lan thiết lập. Hà Lan chấp thuận công nhận chủ quyền của Indonesia trong một liên bang mới gọi là 'Hợp chúng quốc Indonesia' (RUSI). Thể chế này sẽ bao gồm toàn bộ các lãnh thổ nguyên thuộc Đông Ấn Hà Lan song ngoại trừ Tân Guinea thuộc Hà Lan; chủ quyền tại lãnh thổ này theo thỏa thuận sẽ do Hà Lan nắm giữ cho đến các cuộc đàm phán tiếp theo với Indonesia. Vấn đề khó khăn khác là mà Indonesia nhượng bộ là nợ của Đông Ấn Hà Lan. Indonesia chấp thuận chịu trách nhiệm về số tiền này với tổng cộng là 4,3 tỷ guilder, một phần trong số đó liên quan đến nỗ lực của Hà Lan nhằm tiêu diệt cách mạng[43][44]. Chủ quyền cuối cùng được chuyển giao vào ngày 27 tháng 12 năm 1949, và quốc gia mới ngay lập tức được Hoa Kỳ công nhận.

Phần lãnh thổ trên đảo Java và Sumatra do lực lượng Cộng hòa kiểm soát hợp thành một bang duy nhất trong 16 bang của liên bang, song chiếm gần một nửa dân số toàn liên bang. 15 bang khác được người Hà Lan thiết lập từ năm 1945. Những bang này bị giải thể vào Cộng hòa Indonesia trong nửa đầu năm 1950. Một chính biến chống Cộng hòa tại Bandung và Jakarta do Quân đoàn Ratu Adil của Raymond Westerling tiến hành vào ngày 23 tháng 1 năm 1950 dẫn đến việc giải thể bang Pasundan đông dân cư tại Tây Java, do đó đẩy nhanh sự tan rã của kết cấu liên bang. Các binh sĩ thực dân có một phần lớn là người Ambon đã xung đột với binh sĩ Cộng hòa tại Makassar trong Nổi dậy Makassar vào tháng 4 năm 1950. Người Ambon chủ yếu theo Cơ Đốc giáo đến từ một trong vài khu vực có tình cảm ủng hộ Hà Lan và họ nghi ngờ về Cộng hòa do người Java Hồi giáo chi phối và xem những người Cộng hòa là cánh tả. Ngày 25 tháng 4 năm 1950, một Cộng hòa Nam Maluku (RMS) độc lập được tuyên bố tại Ambon song bị quân đội Cộng hòa đàn áp trong một chiến dịch từ tháng 7 đến tháng 11. Ngày 17 tháng 8 năm 1950, nhân kỉ niệm 5 năm ngày ông công bố tuyên ngôn độc lập của Indonesia, Sukarno tuyên bố nước Cộng hòa Indonesia là một quốc gia đơn nhất.[45]